Prima di essere utilizzata per compilare ed eseguire codice Java, l'applicazione Java-- (versione 2) deve essere configurata selezionando la voce Preferenze... dal menu Modifica. All'interno della finestra di configurazione, è necessario specificare il cammino completo al compilatore Java incluso nel JDK (ovvero, JDK_HOME/bin/javac.exe in ambiente Windows e JDK_HOME/bin/javac in ambiente Linux/Mac OS X/Unix), il cammino completo alla cartella (che deve essere stata precedentemente creata) da cui Java-- inizia la ricerca dei file ed il cammino completo alla cartella (che deve essere stata precedentemente creata) da cui Java-- inizia la ricerca degli esercizi.